Prvi se put Novgorod spominje u ljetopisu 859. godine - ovaj datum se smatra polazištem za starost grada. 862 u "Priči o prošlim godinama" postoji priča o pozivu Varjaga u Rusiju. Najstariji od Varjaga koji je došao, Rurik, počeo je vladati u Novgorodu.
Početkom 11. stoljeća Novgorod se po svojoj strukturi nije razlikovao od drugih gradova Kijevske Rusije. No 1014. godine knez Yaroslav Mudri odbio je platiti danak Kijevu i Novgorod je zapravo postao neovisan. Izgradnja kamenih zidova grada i kamene Sofijske katedrale počinje u Novgorodu.
U drugoj polovici 12. stoljeća, Novgorođani su stekli pravo na veče - počeli su birati biskupa - najvišu crkvenu vlast. Krajem 12. stoljeća, Novgorođani su dobili pravo pozivati knezove iz bilo kojeg grada da vladaju i s njima zaključe sporazum. 1226. godine, Aleksandar Yaroslavovich, koji je kasnije dobio ime Nevsky, stupio je na prijestolje Novgoroda.
U XIV veku grad se zvao Novgorodska republika i bio je jedan od najvećih i najbogatijih regiona u Evropi. Republika je uključivala teritorije sadašnje Novgorodske, Pskovske, Lenjingradske, Arhangelske oblasti i autonomne republike Komi i Kareliju. Većina otkrivenih slova brezove kore takođe pripada ovom vremenu. No, krajem 15. stoljeća, Novgorođani se zaklinju na vjernost moskovskom knezu Ivanu III.
1570. Ivan Grozni stiže u Novgorod da umiri građane, optužen za lažno otkazivanje želje da ode u Litvaniju. Gardisti nekoliko sedmica razbijaju i pljačkaju Novgorod, a nekoliko hiljada stanovnika je ubijeno.
Početkom 17. stoljeća, za vrijeme nevolja u Rusiji, Novgorod su okupirali Šveđani, a stanovništvo se smanjilo na 800 ljudi. U drugoj polovici 17. stoljeća Novgorod su naselili doseljenici iz Valdaja, Tikhvina i drugih okolnih gradova. U 18. stoljeću, s početkom izgradnje Sankt Peterburga, Novgorod konačno gubi trgovački i ekonomski značaj. Krajem 18. stoljeća Novgorod se počeo obnavljati prema općem planu. 1862. u gradu je otvoren spomenik Milenijumu Rusije.
Tokom Velikog Domovinskog rata nacisti su okupirali Novgorod u kolovozu 1941. Dana 20. januara 1944. oslobodile su ga sovjetske trupe.
Godine 1959. Novgorod je proslavio 1100. godišnjicu postojanja.
