Rijeke Madagaskara imaju brzake. Sve glavne rijeke otoka teku od istoka prema zapadu.
Betsibuka river
Korito rijeke nalazi se u sjeverozapadnim zemljama otoka. Ukupna dužina struje je 525 kilometara. A ovo je jedna od najvećih otočnih rijeka. Betsibuku odlikuje karakteristična crvenkasto-smeđa boja vode. Objašnjenje ovog fenomena vrlo je jednostavno - vode rijeke sadrže veliku količinu sedimenata koje rijeka nosi u more.
Izvor rijeke nalazi se u središtu otoka (sjeverno od provincije Antananarivo). Rijeka nastaje na ušću dvije rijeke - Amparihibe i Dzabu. Nakon toga, Betsibuka kreće na sjever, uzimajući vode rijeke Ikupa (u blizini grada Maevatanana). Betsibuca se ulijeva u vode zaljeva Bumbetuca (Mozambički tjesnac), formirajući deltu kada padne. Korito rijeke je plovno 130 kilometara od mjesta ušća.
Crvenkasto-smeđa nijansa vode u rijeci znak je ekološke katastrofe. Krčenje šuma na površini otoka ubrzalo je proces erozije tla. Kao rezultat toga, ukupna količina zemljišta koju ispire voda je nevjerovatno velika. A budući da su to većinom crvena lateritična tla, otuda i sjena vode.
Talozi koje rijeka nosi u svojim vodama talože se na dnu ušća Betsibuka. I to je jedan od razloga zamuljivanja dna uvale Bumbetuka. Iz tog razloga je luka grada Mahajanga, koja se ovdje nalazi, premještena na vanjsku obalu otoka, budući da je postojala prijetnja iskrcavanja prekooceanskih brodova.
Mangoki river
Rijeka protiče kroz zemlje jugozapadnog dijela otoka. Ukupna dužina struje Mangoki je 564 kilometara. I to je najduža rijeka na Madagaskaru.
Izvor se nalazi u provinciji Fianarantsoa (padine Centralnog grebena). Rijeka tada teče prema zapadu, prolazeći kroz zemlje pokrajine Tuliara. Mjesto ušća su vode Mozambičkog tjesnaca (u blizini grada Morombe). Kad se ulije u nju, formira veliku deltu.
Mangoki kanal prolazi kroz težak teren. Južni dio delte bogat je barijernim otocima, plićacima i naplavinama. Sjeverni dio delte nudi brojne močvare i mangrove.
Maninguri river
Rijeka Maninguri nalazi se u istočnom dijelu Madagaskara i ima ukupnu dužinu od 260 kilometara. Izvor rijeke je u jezeru Alautra. Ukupna površina sliva je 12.645 kvadratnih kilometara. Rijeku karakteriše turbulentna struja. Mesto ušća su vode Indijskog okeana (u blizini grada Ampasina).
