Estonske rijeke su vrlo male i među sedam stotina rijeka u zemlji, samo se devet može pohvaliti da je prešlo granicu od sto kilometara.
Rijeka Piusa
Piusa prolazi teritorijima dvije države - Republike Estonije i Rusije. Ukupna dužina korita rijeke je devedeset tri kilometra. Podjela je sljedeća: Estonija posjeduje osamdeset kilometara Piusa; udio ruske teritorije iznosio je malih trinaest kilometara. Ukupna površina sliva iznosi 796 kvadratnih kilometara.
Izvor rijeke nalazi se na estonskom zemljištu u vodama jezera Alasjärv (selo Villa, smješteno jugozapadno od sela Vastseliina - dvanaest kilometara). Ušće rijeke je ogledalo Peipsi jezera, nedaleko od sela Budovizh. Na ušću se Piusu dijeli, ulijevajući se u jezero u dva kraka.
Srednji tok rijeke - osamnaest kilometara između sela Vastseliina i Saetamme - prolazi duž prekrasne šupljine. Ona je postala mjesto gdje je organiziran rezervat. Osnovana je 1965. godine i pokriva područje ukupne površine preko devet kvadratnih kilometara.
Rijeka Võhandu
Võhandu je najduži plovni put u republici. Njegova ukupna dužina jednaka je sto šezdeset dva kilometra. Izvor Võhandu nalazi se u blizini estonskog naselja Saverna. Nakon toga prolazi kroz dubine jezera Jiksi i završava putovanje povezujući se s vodama Toplog jezera. To se događa nedaleko od sela Võõpsu.
Značajno je da prije jezera Vagula stanovnici ovu rijeku zovu Pyhajõgi, ali nakon izlaska iz njenih voda - Voo.
Plovila plove rijekom duž dionice omeđene Peipsi jezerom i lukom koja se nalazi na području sela Võõpsu. Brojni potoci glavni su opskrbljivači vode Võhandu.
Rijeka Parnu
Pärnu je estonska rijeka ukupne dužine sto četrdeset četiri kilometra. Ukupna površina sliva je gotovo sedam kvadratnih kilometara. Izvor rijeke je minijaturno jezero izvorskog porijekla (nedaleko od Roosno-Alliku), ali završava Pärnu rutu, ulijevajući se u vode Pärnus Bay (dio Riškog zaljeva, područje Baltičkog mora).
Rijeka se napaja mješovito. A ako u gornjim krajevima podzemne vode postanu dobavljači, onda u donjem toku pada kiša. Rijeka se ne zamrzne uvijek zimi. Ako se to dogodi, led se formira otprilike od druge dekade decembra i traje do kraja marta.
Rijeka je plovna samo u blizini mjesta ušća. Korito rijeke blokira brana na jedanaest mjesta.
