Rijeke Tadžikistana su punotočne i uglavnom pripadaju slivu Aralskog mora. A samo nekoliko se ulijeva u vode jezera Karakul ili rijeke Tarima.
Reka Amu Darja
Kanal Amu Darje prolazi kroz teritorij četiri zemlje odjednom - Afganistan, Tadžikistan, Uzbekistan i Turkmenistan. Ukupna dužina kanala je 2.400 kilometara. Od toga 1.415 kilometara prolazi kroz državu. Izvor Amu Darje nastaje ušću dvije rijeke - Vakhsh i Pyanj. Ušće rijeke su vode Aralskog mora (na ušću tvori veliku deltu).
U blizini rijeke postoji nekoliko pritoka. U prosjeku, Amu Darja prima vode Kafirnigana, Surkhandarye i Šerebada, kao i jednu lijevu pritoku - rijeku Kunduz. I dalje, do mjesta ušća, više nema pritoka. Vode rijeke aktivno se koriste, pa stoga Amu Darja ne doseže Aralsko more. Upravo je to postao jedan od razloga njegovog isušivanja.
U vodama Amu Darje postoji dosta različitih vrsta riba: asp; ćelav čovjek; aralski som; deverika; sabrefish; srebrni šaran; Bijeli amur; mrzim.
Rijeka Vanj
Jedna od rijeka, čiji se kanal nalazi isključivo na teritoriji Tadžikistana. Desna je pritoka rijeke Pyanj. Ukupna dužina rijeke je 103 kilometra. Izvor je nastao spajanjem dviju rijeka - jedna se spušta s glečera Vanch grebena, druga s grebena Akademije nauka (zapadna padina). Kanal prolazi između grebena Vanch i Darvaz.
Reka Kaškadarja
Teritorijalno, riječno korito prolazi kroz zemlje Tadžikistana (regija Sughd) i Uzbekistana (regija Kashkadarya). Uobičajeno, rijeka ima tri imena: u gornjem toku - Obikhunda; srednji tok - Shinachasai; donji - Maimanakadarya.
Ukupna dužina kanala je 378 kilometara. Izvor rijeke nalazi se na nadmorskoj visini od 2960 metara, a čine je dvije neimenovane rijeke. Glavne pritoke: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Rijeka Muksu
Ukupna dužina kanala je 88 kilometara. Muksu se nalazi u regionu Jirgatal u Tadžikistanu. Izvor je ušće dvije rijeke: Seldara i Sauksoy (glečeri Fedchenko i Bolshoi Saukdar).
Rijeka Kuzylsu
Kyzylsu, što znači "crvena rijeka", protiče kroz teritoriju Kirgistana i Tadžikistana. Izvor su padine Trans-Alajskog lanca. Ukupna dužina kanala je 235 kilometara. Na ušću u rijeku Muksu izvire u rijeku Vakhsh.
Rijeka Vakhsh
Ukupna dužina riječnog kanala je 786 kilometara, a svi prolaze teritorijom Tadžikistana. Izvor rijeke je na padinama Pamira, ali mjesto njenog ušća u vode rijeke Pyanj dovodi do velike Amu Darje. Rijeka je glavni izvor navodnjavanja, ali i proizvodnje energije.
