Istorija Ufe seže u peti vek. Pretpostavlja se da se u to vrijeme na području današnje Ufe nalazilo srednjovjekovno naselje. Među najvećim gradovima Zlatne Horde, istaknuti arapski pisac četrnaestog stoljeća, Ibn Haldun, nazvan je grad Bashkort (Bashgird). Sada, uspoređujući analizu drevnih karata i oznaka, povjesničari dolaze do zaključka da se na mjestu spomenutog starog grada nalaze sadašnja Ufa.
Zvanični status grada
U šesnaestom stoljeću, na teritoriji današnje Ufe, nalazilo se zimsko sjedište guvernera Nogajske Horde, Tura Khana. Nakon što je dio Baškortostana ušao u Moskovsko kraljevstvo (1557), lokalno stanovništvo obratilo se Ivanu IV s prijedlogom da se na njihovoj zemlji izgradi grad.
U šesnaestom stoljeću (1574.) izgrađena je tvrđava u blizini rijeke Sutoloke, to jest tvrđave, a mjesto se počelo nazivati Ufskim okrugom, a Ufa je postala njegovo središte. Zatvor u Ufi izgrađen je pod vodstvom Ivana Nagya. Kasnije poslan iz glavnog grada, Mihail Nagoj je bio prvi vojvoda u okrugu, on je bio na čelu činovničke kolibe u Ufi (imao je dvjesto strelaca pod svojom komandom).
Nakon izgradnje gradskih zidina, tvrđava je postala poznata kao Kremlj. Kao dodatna zaštita, oko nje je izgrađena ograda od čvrstih balvana čvrsto zabijenih jedan do drugog, a na dvije suprotne strane konstrukcije, u sjevernom i južnom dijelu, podignut je hrastov toranj.
U osamnaestom stoljeću grad je bio pogođen Seljačkim ratom, ustanak je ugušen. Nakon toga, Ufa se spojila s pokrajinom Kazanj, nešto kasnije - s provincijom Orenburg. Početkom 19. stoljeća lokalne vlasti su se bavile urbanističkim planiranjem. Arhitekta V. Geste nacrtao je plan proširenih ulica grada. Bolshaya Kazanskaya ulica dovedena je do budućeg Gostiny Dvora i Verkhne-Torgovaya Square.
Dvadeseti vek
U julu 1922. odlukom Sveruskog centralnog izvršnog komiteta provincija Ufa je ukinuta. U 20-30-im godinama prošlog stoljeća grad se počeo ubrzano razvijati. Bruto industrijska proizvodnja porasla je 16 puta. Tokom Velikog Domovinskog rata nekoliko desetina industrijskih preduzeća evakuisano je u Ufu. Ovdje je evakuisano i nekoliko istraživačkih instituta.
U vezi s povećanjem proizvodnje nafte nakon rata, u Ufi su izgrađene velike rafinerije nafte, aktivno se razvijala mašinogradnja i kemijska industrija.
