Vologda se nalazi na desnoj obali istoimene rijeke, koja je drevni plovni put koji je povezivao ovaj grad kroz slivove rijeka Sukhona i Sheksna s Arkhangelskom.
Prvi put u istorijskim izvorima grad se spominje u XII vijeku. U 15. stoljeću Vologdom je upravljao Veliki Novgorod. Od 1462. dvadeset godina Vologda je bila središte apanažne kneževine, ali je od 1481. pala pod vlast Moskovske kneževine, čiji je vladar tada bio Ivan III.
Godine 1565. Ivan Grozni odlučio je postaviti svoju drugu opričninsku rezidenciju u Vologdi. Htio je ovdje sagraditi kameni Kremlj i tvrđavu. Hiljade zanatlija i seljaka protjerano je u Vologdu, a izgradnju je vodio engleski inženjer H. Locke. U planu, Kremlj je bio pravokutnik. Na sjevernoj strani bila je zaštićena rijekom Vologda, a s obje strane je iskopan rov s vodom. No, napad krimskog kana 1571. i kuga koja je započela u Vologdi primorali su Ivana IV da se vrati u Moskvu. Odlaskom kralja, gradnja je prestala.
Zbog nepostojanja ozbiljnih utvrđenja, Vologda je jako patila od invazije poljsko-litvanske vojske 1612. Ali grad je brzo obnovljen i čak je premašio svoju bivšu veličinu. Do kraja 17. stoljeća, povijesni centar Vologde sastojao se od četiri dijela: grada, Verkhniy Posada, Nižnjeg Posada i Zarečja. Međutim, početkom 18. stoljeća ekonomski je položaj Vologde donekle oslabio zbog osnivanja Sankt Peterburga i razvoja trgovine na Baltičkom moru.
Godine 1708 Vologda je uključena u regiju Arkhangelsk. No već 1719. grad je postao središte Vologdske pokrajine, a 1796. - središte Vologdske pokrajine, koja je postojala do 1929. godine.
U 19. stoljeću grad je postao mjesto političkog izgnanstva za mnoge pripadnike inteligencije. Godine 1918. Vologda je pet mjeseci igrala ulogu "diplomatske prijestolnice" Rusije. Nakon zaključenja Brestskog mirovnog ugovora, ambasade i misije 11 velikih država privremeno su se preselile ovamo, posebno: SAD, Velika Britanija, Francuska, Japan, Kina, Brazil itd.
Sada je Vologda popularno turističko središte koje posjećuju i Rusi i strani turisti.
